[세금정보] 스마트스토어 쇼핑몰 세금 포인트 / 해외 구매대행 부가세 : 통신판매업, 전자상거래소매업
- 2025년 9월 10일
- 3분 분량

안녕하세요! 신뢰받는 세금 전문가, 선한세무회계입니다.
오늘은 최근 유통업에 지각변동이 일어나던 유통업 이야기로 시작해보려고 합니다. 2024년 7월에는 티몬, 위메프 사태가 일어났고, 그 이후로도 계속 이커머스 시장에서도 변화가 일어나고 있습니다.
유통업계 전반에서 구조조정이 일어나고 있고 유통 채널과 연계된 배송업계에서는 경쟁력 확보를 위하여 CJ대한통운이 G마켓(옥션)과 손잡고 주 7일 배송에도 나선다는 보도가 있었습니다.
이렇게 유통업계에 변화가 많은 만큼 기회도 존재합니다. 많은 대표님들께서 스마트스토어나, 쿠팡·오픈마켓·자사몰 등 다양한 온라인 채널에서 물건을 판매하고 계십니다. 자체 브랜드를 통한 경쟁력을 확보하며 상당한 수익을 올리는 분들도 있으신데요.
그런데 사업을 하시다 보면, 대표님들께서 세금 문제에 대해 깜빡하시는 경우가 종종 발생합니다. 그래서 이번 글에서는 스마트스토어, 구매대행 등 온라인 쇼핑몰 세금관리의 핵심 포인트를 안내드리고자 합니다.
<빠르게 살펴보기>
사업자등록
[통신판매업]
온라인 쇼핑몰을 운영하거나, 쇼핑몰에서 계속적/반복적으로 물건을 판매하는 판매자들은 판매건수나 매출액에 상관 없이 사업자등록을 하여야 합니다.
사업자등록은 관할 세무서/홈택스를 통해 진행할 수 있고, 통신판매업 신고는 관할 시군구청/정부24에서 처리할 수 있습니다.
사업상 독립적으로 재화나 용역을 공급하는 사업자는 사업자등록 대상이고, 사업 개시일부터 20일 이내에 사업장마다 사업자등록을 하여야 합니다.
[참고] 통신 판매업 업종코드

개인사업자 등록 시 필요한 서류는 다음과 같습니다.
1. 사업자등록신청서
2. 임대차계약서 사본(사업장을 임차한 경우)
3. 인허가 등 사업을 영위하는 경우 허가·등록·신고증 사본
→ 허가(등록, 신고) 전에 등록하는 경우 허가(등록)신청서 등 사본 또는 사업계획서
4. 동업계약서(공동사업자인 경우)
** 사업장에 따라 세무서에서 확인 요청이나 추가 서류를 요구할 수 있습니다.
부가가치세는 어떻게?
[간이과세 vs 일반과세]
부가가치세란 "상품의 거래나 서비스를 제공할 때 발생하는 부가가치(이윤)에 대한 세금"입니다.
상품을 판매하면서 받은 매출세액에서 상품을 구입하면서 지불한 매입세액를 뺀 금액으로 결정되는데요. 일정한 요건을 충족하는 초기 사업자들은 간이과세를 적용 받을 수도 있습니다.
사업을 시작할 때 간이/일반과세자를 선택하고, 이후에는 간이과세를 포기하거나 상호 전환이 될 수 있습니다.
간이과세자는 부가가치세를 정해진 비율로 계산하게 되며, 일반과세자에 비해 부가세 부담이 적습니다.
다만, 직전연도 공급대가(매출액) 4,800만원 미만인 경우 세금계산서를 발행할 수 없습니다.
이렇게 판매한 금액(매출액)과 판매를 위하여 지불한 금액(매입액)에 대한 정산을 하며 부가가치세 신고가 이루어집니다.
[참고]
간이과세자 중 직전연도의 연 환산 공급대가(매출액) 4,800만 원 미만인 간이과세 사업자는 부가가치세가 면제됩니다. 다만 부가가치세를 납부할 의무가 없더라도 기한 내에 납부할 세금이 없다는 것을 신고하여야 합니다.
전자상거래소매업 : 매출자료 확인
스마트스토어나 오픈마켓에 입점한 대표님들께서는 부가가치세 신고를 위한 매출 자료를 확인하셔야 합니다.
국세청 홈택스에서도 기본적인 매출액들을 불러올 수 있으나, 정확한 자료 검증을 위하여 각 사이트별로 확인을 해주시는 것이 좋겠습니다.
[네이버 스마트스토어]
스마트스토어센터 사이트에 접속합니다.
> 메뉴 : 정산관리 > 부가세신고 내역 화면에서 매출 자료를 다운로드 합니다.
[쿠팡 판매자센터]
쿠팡 윙 사이트에 접속합니다.
> 메뉴 : 정산 > 부가세 신고내역 화면에서 매출 자료를 다운로드 합니다.
[자사몰 매출 확인]
자사몰 운영 시 일반적으로 결제대행사(PG사)를 통하여 매출을 확인하게 됩니다.
(예) 토스페이먼츠 : 나의 상점 > 상점관리자 > 부가세신고 자료 화면에서 자료를 다운로드 합니다.
구매대행업 : 부가세 포인트
[매출 산정방법]
구매대행을 하시는 경우에 대해 조금 더 자세히 알아보도록 하겠습니다.
해외직구 구매대행업을 하시는 경우 일반 소매업이나 통신판매업과는 다르게 "수수료" 부분만을 매출로 판단하여 부가가치세를 신고하게 된다는 큰 특징이 있습니다.
해외구매대행 수수료 매출 산정 방법 (예시)
오픈마켓 결제대금 (쇼핑몰 판매가격 + 국내 배송비) (-) 구입가격 (현지 쇼핑몰 구매가 = 해외현지 구매가 + 현지 배송비 등) (-) 배송대행지 비용 (해외 현지에서 한국 배송대행지까지의 비용) (-) 관세 등 (발생하여 대납한 경우) = 순수익 (구매대행수수료) |
그런데 구매대행업, 해외직구업(업종코드 525105)으로 인정받기 위해서는 아래와 같은 요건을 충족하여야 합니다.
[구매대행업 요건]
- 해외로부터 구매한 물품이 국내 구매자 명의로 통관되어 구매자에게 직배송 되어야 한다.
- 국내에는 창고 등 보관 장소가 없고, 물품의 재고를 보유하지 않아야 한다.
- 판매 사이트에는 해외구매대행업임을 명시해야 한다.
- 주문 건별로 구매대행 수수료를 산출하고, 산출 근거와 증빙을 보관해야 한다.
[증빙의 중요성]
먼저, 앞서 말씀드린 "구매대행업" 요건이 충족되지 않는 경우, 세무서 확인 과정에서 해외구매대행업으로 인정받지 못할 수 있습니다.
이 경우 수수료가 아닌 물품을 판매하신 금액 전체가 매출액으로 잡히게 되고, 부가가치세가 전체 물품 판매금액의 10%로 매우 크게 잡힐 수 있으니 유의하셔야 합니다!
따라서 각 판매 건들마다 대행 수수료 매출을 엑셀 파일과 같은 형식으로 정리해두고, 해외 상품 구매와 현지 배송비, 배송대행지 비용 등에 대한 영수증 / 인보이스 / 이체내역 / 결제내역과 같은 증빙을 잘 기록, 관리해두어야 합니다.
그리고, 온라인 판매 사업의 경우 오프라인에 비해 사업과 관련한 임차료나 기계장치 등의 지출이 적기 때문에 상대적으로 절세를 위한 매입액과 종합소득세 비용으로 인정받을 수 있는 폭이 적을 수 있습니다.
따라서 작은 금액이더라도 대표님들의 지출액에 대하여 각각의 적격증빙을 관리하고 잘 반영하는 것이 절세의 포인트가 됩니다.
[적격증빙의 종류]
(전자)세금계산서
계산서
신용카드매출전표
현금영수증
편리한 부가세 신고
사업을 하시다보면 세금 처리, 회계관리가 어렵게 느껴지시는 경우가 많습니다.
세금은 놓치기 쉬운 부분들도 많고, 잘못된 처리는 추후 가산세 문제가 커질 수 있기 때문에 처음부터 세금 전문가의 도움을 받으며 업무를 하시는 것이 안정적인 사업 운영에 도움이 됩니다.
저희 선한세무회계에서는 대표님들께서 업무에 집중하실 수 있도록 부가세 신고를 비롯한 기장대리 업무를 진행하고 있습니다.
금융권 VIP 고객 세무전담 경력을 가진 은행·증권사 출신 대표 세무사가 직접 상담을 진행하며 안정적인 사업 운영을 위해 함께합니다.
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